ٹرانس میبرن پیپٹائڈس کی ساختی خصوصیات اور درجہ بندی

Cationic transmembrane peptides arginine، lysine، اور histidine سے بھرپور مختصر پیپٹائڈس پر مشتمل ہوتے ہیں، جیسے TAT، Penetratin، Polyarginine، P22N، DPV3 اور DPV6۔ان میں سے، ارجینائن میں گوانیڈائن ہوتا ہے، جو سیل کی جھلی پر منفی چارج شدہ فاسفورک ایسڈ گروپوں کے ساتھ ہائیڈروجن بانڈ بنا سکتا ہے اور جسمانی پی ایچ ویلیو کی حالت میں جھلی میں ٹرانس میبرن پیپٹائڈس کو ثالثی کر سکتا ہے۔اولیگارجینائن (3 R سے 12 R تک) کے مطالعے سے پتہ چلتا ہے کہ جھلی کے دخول کی صلاحیت صرف اس وقت حاصل ہوتی ہے جب ارجینائن کی مقدار 8 تک کم ہو، اور ارجنائن کی مقدار میں اضافے کے ساتھ جھلی کے دخول کی صلاحیت آہستہ آہستہ بڑھ جاتی ہے۔Lysine، اگرچہ arginine کی طرح cationic، guanidine پر مشتمل نہیں ہے، لہذا جب یہ اکیلے موجود ہے، تو اس کی جھلی کے اندر داخل ہونے کی کارکردگی بہت زیادہ نہیں ہے۔Futaki et al.(2001) نے پایا کہ جھلی کی دخول کا اچھا اثر صرف اس صورت میں حاصل کیا جاسکتا ہے جب کیشنک سیل میمبرین پیپٹائڈ کم از کم 8 مثبت چارج شدہ امینو ایسڈ پر مشتمل ہو۔اگرچہ مثبت چارج شدہ امینو ایسڈ کی باقیات جھلی میں گھسنے کے لیے گھسنے والے پیپٹائڈس کے لیے ضروری ہیں، دوسرے امینو ایسڈ بھی اتنے ہی اہم ہیں، جیسے کہ جب W14 F میں بدل جاتا ہے تو Penetratin کی دخولیت ختم ہوجاتی ہے۔

cationic transmembrane peptides کی ایک خاص کلاس نیوکلیئر لوکلائزیشن سیکوینسز (NLSs) ہے، جو ارجینائن، لائسین اور پرولین سے بھرپور مختصر پیپٹائڈس پر مشتمل ہوتی ہے اور اسے نیوکلیئر پور کمپلیکس کے ذریعے نیوکلئس تک پہنچایا جا سکتا ہے۔NLSs کو مزید سنگل اور ڈبل ٹائپنگ میں تقسیم کیا جا سکتا ہے، جس میں بالترتیب بنیادی امینو ایسڈ کے ایک اور دو کلسٹر ہوتے ہیں۔مثال کے طور پر، سمین وائرس 40(SV40) سے PKKKRKV ایک واحد ٹائپنگ NLS ہے، جبکہ نیوکلیئر پروٹین ایک ڈبل ٹائپنگ NLS ہے۔KRPAATKKAGQAKKKL ایک مختصر ترتیب ہے جو جھلی ٹرانس میمبرن میں کردار ادا کر سکتی ہے۔چونکہ زیادہ تر NLSs کے چارج نمبر 8 سے کم ہوتے ہیں، NLSs موثر ٹرانس میبرن پیپٹائڈز نہیں ہوتے ہیں، لیکن جب ہم آہنگی کے ساتھ ہائیڈرو فوبک پیپٹائڈ کی ترتیب سے ایمفیفیلک ٹرانس میبرن پیپٹائڈس بنانے کے لیے منسلک ہوتے ہیں تو یہ موثر ٹرانس میبرن پیپٹائڈز ہو سکتے ہیں۔