پیپٹائڈ کسٹم ترکیب میں پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل کا اصول کیسے ہے؟

سطح پر، پیپٹائڈ بانڈز کی تشکیل، ڈیپپٹائڈس پیدا کرنا، ایک سادہ کیمیائی عمل ہے۔اس کا مطلب یہ ہے کہ دو امینو ایسڈ اجزاء پانی کی کمی کے دوران پیپٹائڈ بانڈ، ایک امائڈ بانڈ کے ذریعے منسلک ہوتے ہیں۔

پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل ہلکے رد عمل کے حالات میں ایک امینو ایسڈ کو چالو کرنا ہے۔(A) کاربوکسائل موئیٹی، دوسرا امینو ایسڈ (B) نیوکلیو فیلک ایکٹیویٹڈ کاربوکسائل موئیٹی پھر ڈائیپٹائڈ (AB) بناتا ہے۔"اگر کاربوکسیل جزو (A) محفوظ نہیں ہے، تو پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل کو کنٹرول نہیں کیا جا سکتا۔"ضمنی مصنوعات جیسے لکیری اور سائکلک پیپٹائڈس کو ہدف مرکبات AB کے ساتھ ملایا جا سکتا ہے۔لہذا، پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل میں شامل نہ ہونے والے تمام فنکشنل گروپس کو پیپٹائڈ کی ترکیب کے دوران عارضی طور پر الٹ جانے والے طریقے سے محفوظ کیا جانا چاہیے۔

لہذا، پیپٹائڈ کی ترکیب - ہر پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل - میں جمع کے تین مراحل شامل ہیں۔

پہلا قدم کچھ امینو ایسڈ تیار کرنا ہے جن کو تحفظ کی ضرورت ہے، اور امینو ایسڈز کی زیوٹیریونک ساخت اب موجود نہیں ہے۔

دوسرا مرحلہ پیپٹائڈ بانڈز بنانے کے لیے دو قدمی رد عمل ہے، جس میں N-پروٹیکٹڈ امینو ایسڈ کا کاربوکسائل گروپ پہلے ایکٹیو انٹرمیڈیٹ تک جاتا ہے اور پھر پیپٹائڈ بانڈ بنتا ہے۔یہ جوڑا ردعمل یا تو ایک قدمی ردعمل کے طور پر یا دو ترتیب وار رد عمل کے طور پر ہو سکتا ہے۔

تیسرا مرحلہ حفاظتی بنیاد کو منتخب ہٹانا یا مکمل ہٹانا ہے۔اگرچہ تمام پیپٹائڈ چینز کے جمع ہونے کے بعد ہی تمام ہٹانا ہو سکتا ہے، لیکن پیپٹائڈ کی ترکیب کو جاری رکھنے کے لیے حفاظتی گروپوں کو منتخب ہٹانا بھی ضروری ہے۔

کیونکہ 10 امینو ایسڈ (Ser, Thr, Tyr, Asp, Glu, Lys, Arg, His, Sec اور Cys) سائیڈ چین فنکشنل گروپس پر مشتمل ہوتے ہیں، جن کو منتخب تحفظ کی ضرورت ہوتی ہے، جس سے پیپٹائڈ کی ترکیب زیادہ پیچیدہ ہوتی ہے۔عارضی اور نیم مستقل تحفظ کے اڈوں کو منتخب کرنے کے لیے مختلف تقاضوں کی وجہ سے الگ کیا جانا چاہیے۔امائنو ایسڈ یا کاربوکسائل فنکشنل گروپس کے عارضی تحفظ کو ظاہر کرنے کے لیے اگلے مرحلے میں عارضی تحفظ کے گروپ استعمال کیے جاتے ہیں۔نیم مستقل حفاظتی گروپوں کو پہلے سے بنائے گئے پیپٹائڈ بانڈز یا امینو ایسڈ سائیڈ چینز میں مداخلت کیے بغیر ہٹا دیا جاتا ہے، بعض اوقات ترکیب کے دوران۔

"مثالی طور پر، کاربوکسیل جزو کی ایکٹیویشن اور اس کے نتیجے میں پیپٹائڈ بانڈز کی تشکیل (کپلنگ ری ایکشن) تیز رفتار ہونا چاہیے، بغیر کسی نسلی یا ضمنی مصنوعات کی تشکیل کے، اور اعلی پیداوار حاصل کرنے کے لیے داڑھ کے ری ایکٹنٹس کا اطلاق کیا جانا چاہیے۔"بدقسمتی سے، کوئی بھی کیمیائی جوڑنے کا طریقہ ان ضروریات کو پورا نہیں کرتا، اور کچھ عملی ترکیب کے لیے موزوں ہیں۔

پیپٹائڈ کی ترکیب کے دوران، مختلف رد عمل میں شامل فنکشنل گروپ عام طور پر دستی مرکز سے منسلک ہوتے ہیں، گلائسین واحد استثناء ہے، اور گردش کا ممکنہ خطرہ ہوتا ہے۔

پیپٹائڈ کی ترکیب کے چکر کا آخری مرحلہ تمام حفاظتی گروپوں کو ہٹانا ہے۔ڈیپپٹائڈ کی ترکیب میں تحفظ کو مکمل طور پر ہٹانے کی ضرورت کے علاوہ پیپٹائڈ چین کی توسیع کے لیے حفاظتی گروپوں کا منتخب ہٹانا اہم ہے۔مصنوعی حکمت عملیوں کی احتیاط سے منصوبہ بندی کی جانی چاہیے۔اسٹریٹجک انتخاب پر منحصر ہے، N منتخب طور پر α-امینو یا کاربوکسائل کی حفاظت کرنے والے گروپوں کو ہٹا سکتا ہے۔اصطلاح "حکمت عملی" سے مراد انفرادی امینو ایسڈ کے گاڑھا ہونے والے رد عمل کی ترتیب ہے۔عام طور پر، بتدریج ترکیب اور فریگمنٹ سنڈینسیشن کے درمیان فرق ہوتا ہے۔پیپٹائڈ ترکیب (جسے "روایتی ترکیب" بھی کہا جاتا ہے) حل میں ہوتا ہے۔زیادہ تر معاملات میں، پیپٹائڈ چین کے بتدریج لمبا ہونے کو صرف پیپٹائڈ چین کا استعمال کرتے ہوئے چھوٹے ٹکڑوں کی ترکیب کے لیے ترکیب کیا جا سکتا ہے۔لمبے پیپٹائڈس کی ترکیب کرنے کے لیے، ہدف کے مالیکیولز کو مناسب ٹکڑوں میں تقسیم کیا جانا چاہیے اور یہ طے کیا جانا چاہیے کہ وہ C ٹرمینس پر تفریق کی ڈگری کو کم کر سکتے ہیں۔انفرادی ٹکڑوں کے بتدریج جمع ہونے کے بعد، ہدف کا مرکب جوڑ دیا جائے گا۔پیپٹائڈ ترکیب کی حکمت عملی میں بہترین اور موزوں ترین حفاظتی ٹکڑے کا انتخاب شامل ہے، اور پیپٹائڈ ترکیب کی حکمت عملی میں حفاظتی اڈوں کے سب سے موزوں امتزاج کا انتخاب اور ٹکڑوں کو جوڑنے کا بہترین طریقہ شامل ہے۔