ڈیزائن اسکیم اور پولی پیپٹائڈ پیپٹائڈ چین کا حل

I. خلاصہ
پیپٹائڈس خاص میکرو مالیکیولز ہیں جیسے کہ ان کی ترتیب ان کی کیمیائی اور جسمانی خصوصیات میں غیر معمولی ہے۔کچھ پیپٹائڈس کی ترکیب کرنا مشکل ہے، جبکہ دیگر کی ترکیب کرنا نسبتاً آسان ہے لیکن صاف کرنا مشکل ہے۔عملی مسئلہ یہ ہے کہ زیادہ تر پیپٹائڈز پانی کے محلول میں قدرے گھلنشیل ہوتے ہیں، لہٰذا ہماری تطہیر میں، ہائیڈروفوبک پیپٹائڈ کے متعلقہ حصے کو غیر آبی سالوینٹس میں تحلیل کیا جانا چاہیے، اس لیے ان سالوینٹس یا بفرز کے استعمال سے شدید متضاد ہونے کا امکان ہے۔ حیاتیاتی تجرباتی طریقہ کار کے، تاکہ تکنیکی ماہرین کو پیپٹائڈ کو اپنے مقاصد کے لیے استعمال کرنے سے سختی سے منع کیا جائے، تاکہ محققین کے لیے پیپٹائڈز کے ڈیزائن کے کئی پہلو درج ذیل ہیں۔

ڈیزائن اسکیم اور پولی پیپٹائڈ پیپٹائڈ چین کا حل
دوسرا، مصنوعی مشکل پیپٹائڈس کا صحیح انتخاب
1. ڈاؤن ریگولیٹڈ سیکوینسز کی کل لمبائی
15 سے کم باقیات والے پیپٹائڈز کو حاصل کرنا آسان ہے کیونکہ پیپٹائڈ کا سائز بڑھ جاتا ہے اور خام مصنوعات کی پاکیزگی کم ہو جاتی ہے۔چونکہ پیپٹائڈ چین کی کل لمبائی 20 باقیات سے بڑھ جاتی ہے، مصنوعات کی درست مقدار ایک اہم تشویش ہے۔بہت سے تجربات میں، باقیات کی تعداد کو 20 سے کم کرکے غیر متوقع اثرات حاصل کرنا آسان ہے۔
2. ہائیڈروفوبک باقیات کی تعداد کو کم کریں۔
ہائیڈروفوبک اوشیشوں کی ایک بڑی برتری کے ساتھ پیپٹائڈس، خاص طور پر سی ٹرمینس سے 7-12 باقیات میں، عام طور پر مصنوعی مشکلات کا باعث بنتے ہیں۔یہ بالکل ایک ناکافی امتزاج کے طور پر دیکھا جاتا ہے کیونکہ ترکیب میں بی فولڈ شیٹ حاصل کی جاتی ہے۔"ایسے معاملات میں، دو سے زیادہ مثبت اور منفی باقیات کو تبدیل کرنا، یا پیپٹائڈ کی ساخت کو غیر مقفل کرنے کے لیے Gly یا Pro کو پیپٹائڈ میں ڈالنا مفید ہو سکتا ہے۔"
3. "مشکل" اوشیشوں کو کم کرنا
"کئی سیز، میٹ، آرگ، اور ٹرائی کی باقیات ہیں جو عام طور پر آسانی سے ترکیب نہیں کی جاتی ہیں۔"Ser کو عام طور پر Cys کے نان آکسیڈیٹیو متبادل کے طور پر استعمال کیا جائے گا۔
ڈیزائن اسکیم اور پولی پیپٹائڈ پیپٹائڈ چین کا حل

تیسرا، پانی میں گھلنشیل کے صحیح انتخاب کو بہتر بنائیں
1. N یا C ٹرمینس کو ایڈجسٹ کریں۔
تیزابیت والے پیپٹائڈس (یعنی پی ایچ 7 پر منفی چارج کیا جاتا ہے) سے نسبت، ایسٹیلیشن (این ٹرمینس ایسٹیلیشن، سی ٹرمینس ہمیشہ مفت کاربوکسائل گروپ کو برقرار رکھتا ہے) کو خاص طور پر منفی چارج بڑھانے کی سفارش کی جاتی ہے۔تاہم، بنیادی پیپٹائڈس کے لیے (یعنی پی ایچ 7 پر مثبت چارج کیا جاتا ہے)، ایمنیشن (این ٹرمینس پر مفت امینو گروپ اور سی ٹرمینس پر ایمینیشن) خاص طور پر مثبت چارج کو بڑھانے کی سفارش کی جاتی ہے۔

2. ترتیب کو بہت چھوٹا یا لمبا کریں۔

کچھ ترتیبوں میں ہائیڈروفوبک امینو ایسڈز کی ایک بڑی تعداد ہوتی ہے، جیسے Trp، Phe، Val، Ile، Leu، Met، Tyr اور Ala، وغیرہ۔ جب یہ ہائیڈروفوبک باقیات 50% سے زیادہ ہو جائیں، تو ان کا عام طور پر تحلیل ہونا آسان نہیں ہوتا ہے۔پیپٹائڈ کے مثبت اور منفی قطبوں کو مزید بڑھانے کے لیے ترتیب کو لمبا کرنا مفید ہو سکتا ہے۔دوسرا آپشن پیپٹائڈ چین کے سائز کو کم کرنا ہے تاکہ ہائیڈروفوبک باقیات کو کم کرکے مثبت اور منفی قطبوں کو بڑھایا جاسکے۔پیپٹائڈ چین کے مثبت اور منفی پہلو جتنے مضبوط ہوں گے، پانی کے ساتھ رد عمل کا امکان اتنا ہی زیادہ ہوگا۔
3. پانی میں گھلنشیل باقیات ڈالیں۔
کچھ پیپٹائڈ چینز کے لیے، کچھ مثبت اور منفی امینو ایسڈ کا امتزاج پانی کی حل پذیری کو بہتر بنا سکتا ہے۔ہماری کمپنی تیزابی پیپٹائڈس کے N-ٹرمینس یا C-ٹرمینس کو Glu-Glu کے ساتھ ملانے کی تجویز کرتی ہے۔بنیادی پیپٹائڈ کا N یا C ٹرمینس دیا گیا تھا اور پھر Lys-Lys۔اگر چارج شدہ گروپ کو نہیں رکھا جا سکتا ہے، تو Ser-Gly-Ser کو N یا C ٹرمینس میں بھی رکھا جا سکتا ہے۔تاہم، یہ نقطہ نظر کام نہیں کرتا جب پیپٹائڈ چین کے اطراف کو تبدیل نہیں کیا جاسکتا ہے۔